Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l'un des pirates les plus recherchés du cyber-espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d'étranges songes et des messages cryptés provenant d'un certain Morpheus. Celui-ci l'exhorte à aller au-delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu'est-ce que la Matrice ?
Matrix Reloaded
Les hommes sauvés de la Matrice sont réfugiés dans la cité souterraine de Zion, que des machines de destruction tentent d'atteindre. Morpheus et Neo attendent un signe de l'Oracle pour continuer leur combat. Lorsque, enfin, il se manifeste, Neo comprend qu'une erreur de programmation de la Matrice a engendré l'Oracle. Il se met ensuite en route pour sa nouvelle mission : retrouver le Maître des clés, qui est prisonnier du Mérovingien.
Matrix Revolutions
Alors que Neo est coincé dans une gare entre deux mondes, les Machines s'apprêtent à attaquer Zion. Morpheus, Trinity et Seraph attaquent le repaire du Mérovingien pour le rejoindre. L'Oracle avertit Neo qu'il doit se méfier de l'agent Smith, son contraire, car la bataille finale entre les hommes et les Machines est proche. Les citoyens de Zion préparent activement la défense de la cité.
Matrix Resurrections
Pour savoir si sa réalité est une construction physique ou mentale, M. Anderson, alias Neo, devra choisir de suivre une fois de plus le lapin blanc. S'il a appris quelque chose, c'est que ce choix, bien qu'illusion, reste le seul moyen de sortir de la Matrice ou d'y entrer. Neo sait déjà ce qu'il doit faire, mais ce qu'il ne sait pas encore, c'est que la Matrice est plus forte, plus sûre et bien plus dangereuse que jamais.